První zpráva o založení kostela pochází z roku 1602. V této době šlo o kostelík dřevěný, patřící k farnímu kostelu v Běstovicích. V roce 1659 kostel vyhořel. K požárům došlo v dalších letech ještě čtyřikrát. Teprve když v roce 1725 zůstala po požáru z kostelíka jen kamenná zvonice, bylo rozhodnuto o stavbě kostela zděného.
V letech 1729-1833 byl vystavěn za vydatné pomoci hraběte Kinského. Kostel je z obou stran chráněn sochami sv. Jana Nepomuckého a sv.Václava. Socha sv.Jana Nepomuckého byla původně umístěna na rohu ulice Jungmannovy a Husovy (odtud název „U Jána“). Socha sv. Václava v děkanské zahradě byla slavnostně posvěcena 9. června 1930.