V oblasti Třeboňska byly odedávna upravovány zejména vodní poměry původní močálovité krajiny, čímž vznikla důmyslná síť umělých stok (například Zlatá stoka, Nová řeka) a množství rybníků, které dělají z Třeboňska centrum českého rybníkářství. Rozsáhlé rybniční soustavy se staly evropsky významným hnízdištěm i migrační zastávkou vodního ptactva. Oblast vyniká bohatostí mokřadní a vodní vegetace. K nejcennějším biotopům Třeboňska patří rozsáhlá přechodová rašeliniště se zachovalými rostlinnými společenstvy a na ně vázanou faunou bezobratlých. Zachovány zůstaly z velké části i původní meandrující toky řek (Lužnice) i extrémně suché lokality vátých písků.
Jsou tu vyhlášeny dva mokřady mezinárodního významu - Třeboňské rybníky a Třeboňská rašeliniště. Oblast je významná z hlediska ochrany řady ohrožených obratlovců, např. vydry říční a orla mořského.
Adresa správy: Správa CHKO Třeboňsko, Valy 121, 379 01 Třeboň
Tel.: +420 384 721 248
Fax.: +420 384 721 400
E-mail: trebonsko@schkocr.cz